Pranciškus 1224 m., rugsėjo 14, Šv. Kryžiaus Išaukštinimo šventėje, Alvernos kalne vėl mąstė apie Kristaus kančią. Jis taip meldėsi, iškėlęs rankas: “Viešpatie Jėzau, dviejų dalykų prieš savo mirtį prašau: suteik man, kad aš kūne ir sieloje, kiek tai galima, pajusčiau tas kančias, kurias tu kentėjai ant kryžiaus, leisk man suprasti tą meilę, kuri privertė tave iškentėti tokias žiaurias kančias už mus nusidėjėlius”. Ir tuo metu Pranciškus pajuto didelį pasikeitimą savyje.
Jis matė Serafiną, šešiasparnį angelą, atnešantį nukryžiuoto Kristaus paveikslą. Šis apsireiškimas atnešė Pranciškui neaprašomą malonumą kartu su neapsakomu skausmu. Kai regėjimas išnyko, Pranciškus pamažu pajuto, kad jo rankos ir kojos buvo žaizdotos, tarsi perkaltos vinimis. Kūnas buvo aplink juodas, kietas ir ištinęs, dėl to jis jautė didelį skausmą. Jo šone buvo didelė žaizda, tarsi jis būtų pervertas kalaviju, o abitas buvo kruvinas. Dabar Pranciškus, pažymėtas šv. Kančios ženklais, tikrai buvo panašus į Kristų.
Pranciškus labai nenorėjo, kad kas nors sužinotų jo didžiąją paslaptį. Bet brolis Leonas atskleidė, dėl ko Pranciškus negalėjo stovėti ant kojų. Nežiūrint to, kad jis stengėsi slėpti savo rankų žaizdas, broliai greitai sužinojo jo paslaptį. Netrukus žinia apie stebuklą plačiai pasklido. Nustebimas buvo žodžiais neapsakomas. Į jį buvo žiūrima kaip į antrąjį Kristų. Nežiūrint didžių skausmų, kuriuos teikė žaizdos, Pranciškus savyje išgyveno dangiškosios laimės džiaugsmą. Šias žymes, vadinamas stigmatomis, po jo mirties matė keli tūkstančiai žmonių.
Netrukus Pranciškus paprašė, kad jis su broliu Leonu, jo vadinamu Dievo avele, būtų nugabentas į Asyžių. Jis pasakė sudiev visiems ten liekantiems broliams ir Alvernos kalnui, ypač savo mylimiausiems seniems draugams — Masejui, Angelui ir Silvestrui. Jis išvyko jodamas ant asilo, nes negalėjo eiti pėsčias, kaip anksčiau darydavo. Ši kelionė buvo triumfališka. “Žiūrėk! Šventasis, šventas žmogus”, jam keliaujant, jį pamatę, sušukdavo žmonės. Bet Pranciškus į tai nekreipė dėmesio. Jis buvo paskendęs gilioje maldoje. Šioje kelionėje įvyko daug stebuklų. Pagijo visi tie, kuriuos, prašomas, Pranciškus palaimino.
